經國家自然科學基金學科組評審專家嚴格遴選，2009年度國家自然科學基金項目評審結果揭曉，我校有16項項目獲得資助，資助經費385.5萬元。從研究領域分布看，生命科學部12項，信息科學部1項，化學科學部1項，管理科學部2項；從院系分布看，農學院8項，經貿學院2項，動科院、園林院、工學院、理學院、生工院、軟件學院各1項。具體資助情況如下：
| 序號 | 項目名稱 | 批準號 | 主持人 | 項目類別 | 經費 萬元 |
| 1 | 小菜蛾呋喃蟲酰肼抗性種群化學通訊系統適合度代價的研究 | 30971909 | 魏洪義 | 面上項目 | 34 |
| 2 | 水果中有害重金屬元素的激光誘導擊穿光譜無損檢測技術研究 | 30972052 | 劉木華 | 面上項目 | 26 |
| 3 | 黑紋粉蝶夏季滯育和冬季滯育熱休克蛋白(Hsps)基因差別表達的研究 | 30900946 | 肖海軍 | 青年科學基金項目 | 19 |
| 4 | 鏈霉菌702所產抗真菌物質的化學結構的鑒定 | 30960011 | 魏賽金 | 地區科學基金項目 | 23 |
| 5 | 14C標記氰（C2N2）在土壤中的吸附與轉化 | 30960081 | 李保同 | 地區科學基金項目 | 22 |
| 6 | 退化紅壤生態系統恢復：地下微生物多樣性和碳氮循環過程與地上生產力的聯系 | 30960312 | 劉苑秋 | 地區科學基金項目 | 23 |
| 7 | 水稻茉莉酸生物合成關鍵酶基因OsOPR7表達與穎花開放的關系 | 30960180 | 曾曉春 | 地區科學基金項目 | 28 |
| 8 | 土壤酸化對雙季稻根系生長與氮素吸收的影響及其機理研究 | 30960186 | 曾勇軍 | 地區科學基金項目 | 24 |
| 9 | 穗枯病菌誘導的野生車前草抗性相關基因克隆及功能分析 | 30960213 | 蔣軍喜 | 地區科學基金項目 | 23 |
| 10 | 利用基因芯片進行檢疫實蠅的高通量快速鑒定 | 30960223 | 王建國 | 地區科學基金項目 | 28 |
| 11 | NDOs對錦江黃牛瘤胃微生物生長、發酵、組成影響及適宜添加量與組合研究 | 30960254 | 瞿明仁 | 地區科學基金項目 | 24 |
| 12 | 多年生黑麥草高溫脅迫的解剖學與細胞化學研究 | 30960263 | 李德榮 | 地區科學基金項目 | 22.5 |
| 13 | 三出口萃取工藝的最優化理論研究 | 20961003 | 鐘盛華 | 地區科學基金項目 | 22 |
| 14 | 基于生理生態的虛擬水稻三維動態建模及可視化表達 | 60963013 | 何火嬌 | 地區科學基金項目 | 21 |
| 15 | 勞動力輸出大省農民工返鄉創業的影響因素與政府扶持機制研究－以江西為例 | 70963005 | 朱紅根 | 地區科學基金項目 | 22 |
| 16 | 林業產權交易市場及其制度與機制研究-以江西為例 | 70963006 | 曹建華 | 地區科學基金項目 | 24 |
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